
수십 년 전에 중단된 결투의 승패를 짓기 위해 마스터 우는 수도원에서 시간의 마스터 형제 중 한 명인 아크로닉스를 만난다. 그러나 한 번의 실수 때문에, 아크로닉스에게 치명타를 입은 마스터 우. 불행인지 다행인지, 그 순간 도착한 첫 번째 타임 블레이드! 아크로닉스가 타임 블레이드를 이용해 시간을 건너뛰자, 이상한 에너지
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최초의 스핀짓주 마스터로 부터 내려져온, 선과 악의 대결을 종결시킬 그린닌자(로이드)를 지키기 위해, 마스터 우는 불, 번개, 얼음, 흙의 속성을 가진 원소 마스터들을 훈련시키는데....

수십 년 전에 중단된 결투의 승패를 짓기 위해 마스터 우는 수도원에서 시간의 마스터 형제 중 한 명인 아크로닉스를 만난다. 그러나 한 번의 실수 때문에, 아크로닉스에게 치명타를 입은 마스터 우. 불행인지 다행인지, 그 순간 도착한 첫 번째 타임 블레이드! 아크로닉스가 타임 블레이드를 이용해 시간을 건너뛰자, 이상한 에너지
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드디어 닌자들은 마스터 우를 통해 크럭스와 아크로닉스에 대한 진실을 알게 됐다. 둘은 시곗바늘 형제라는 별명으로 불리던, 타락한 두 명의 시간의 원소 마스터였다. 그러나, 다시 돌아온 아크로닉스가 마스터 우와 40년 전 끝내지 못한 결투를 마무리하고 사라졌기 때문에, 더 이상 걱정할 일이 없다. 그러나 마스터 우는 결투
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카이는 버밀리언 군인이 쓰고 있던 헬멧을 조사하던 중, 크럭스가 닌자고에서 정체를 숨기고 살고 있다는 걸 알아낸다. 한편, 버밀리언 군대는 계속해서 닌자고 시민들을 납치하고, 로이드는 수련 마스터로서 이를 막기 위해 고군분투한다. 쟌은 버밀리언 군인들과의 첫 전투에서 기습을 받아 작동이 멈춰버리는데, 니야는 정신을 잃은
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버밀리언 군인들이 금속을 훔쳐 가는 일이 계속되자, 로이드가 아픈 마스터 우를 대신해 전면에 나서 수습해하려 한다. 그러나 일이 생각만큼 쉽지 않다는 걸 깨닫는다.
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닌자들이 메가몬스터 놀이공원을 구하기 위해 싸우는 동안, 제이는 버밀리언 군대한테서 부모님의 고철상을 지키기 위해 고군분투한다. 그러던 중, 시간을 늦추는 힘을 가진 에메랄드 타임 블레이드가 나타난다. 닌자들은 뱀들보다 타임 블레이드를 손에 넣기 위해 사력을 다해 사막 추격전을 벌인다.
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버밀리언 군대한테서 벗어나, 에메랄드 타임 블레이드를 되찾은 닌자들은 자축의 순간을 갖는다. 그러나 아크로닉스와 크럭스가 블레이드를 되찾기 위해 나타나자, 에어짓주 사원은 전쟁터로 돌변한다.
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니야는 사무라이 엑스 행세를 하고 다니던 자와 정면으로 맞붙게 되고, 카이는 부모님에 대한 진실을 계속해서 찾아다닌다. 다른 닌자들은 마스터 우의 행방을 알아내기 위해 사방을 헤맨다. 그러던 중, 알게 된 진실들 때문에 닌자들은 더 혼란에 빠진다.
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카이는 자신의 아버지를 만나지만, 시곗바늘 형제를 도운 배신자라며 아버지를 몰아세운다. 그러나 사실, 카이의 부모는 아크로닉스와 크럭스의 인질이었다. 한편, 닌자들이 시곗바늘 형제에게 붙잡혀 있던 마스터 우와 사이러스 보그 박사를 비롯한 인질들을 구하던 사이, 시간을 순간 정지시키는 힘을 가진 세 번째 타임 블레이드가 도
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시곗바늘 형제는 카이와 니야를 협박하고, 둘이 가진 원소의 힘을 이용해서 3번째와 4번째 타임 블레이드를 펄펄 끓는 바다(Boiling Sea)에서 되찾아온다. 그 대신, 타임 블레이드의 과거로 돌아가는 힘을 이용해서 급속도로 늙어가는 마스터 우를 구해주기로 약속한다. 한편, 닌자들과 사이러스 보그 박사는 시곗바늘 형제가
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카이와 니야는 마스터 우를 구하기 위해 크럭스와 아크로닉스의 타임머신 스네이크 로봇에 몰래 올라탄다. 그러나 과거에 도착한 남매는 원소 마스터들을 도와, 시곗바늘 형제가 닌자고의 역사를 바꾸는 것을 막아야 하는 상황에 놓인다. 한편, 현재에 남아 있던 닌자들은 카이와 시간의 펀치를 맞은 니야의 아버지를 돕기 위해 나선다.
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