
44분 외계인의 공격에서 임시로 벗어난 제인웨이 선장의 최우선과제는 이퀴낙스호를 찾고, 랜섬을 저지하고, 세븐 오브 나인을 찾아내는 것이다.
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USS 보이저호가 무장 테러그룹 마퀴스에게 탈취된 우주선을 회수하는 임무 중에 생긴 알 수 없는 사고로 70,000광년 떨어진, 행성 연방의 최강의 적 '보그'가 살고 있는 델타 사분면으로 떨어지면서 귀환하는 과정을 그리고 있다. 시리즈 최초에는 약 75년이 걸릴 것으로 예상했으나 중간중간 여러 방법으로 이 기간을 23년까지 단축했고, 시즌 7 마지막 에피소드에서 시간 여행을 사용한 방법으로 남은 공간을 한 번에 넘어 귀환하게 된다. 최초 델타 사분면으로 떨어지게 된 사고로 인해 보이저호와 마퀴스쪽의 우주선 모두 상당한 피해를 보게 되어 다시 알파 사분면으로 돌아갈 수 있게 될 때까지 협력하기로 합의, 보이저호에서 말 그대로 "한 배를 타게 되는" 특이한 설정에다, 보그 종족 출신의 세븐 오브 나인을 비롯한 델타 사분면의 여러 원주민까지 선원으로 받아들이게 되어 스타 트랙 시리즈 중 가장 다양한 인종이 선원으로 등장하는 시리즈이며, 스타 트렉 TV 시리즈 중 유일하게 여성 함장을 등장시킨 시리즈이기도 하다. 아울러, 보이저는 함선 묘사에 실물 모델을 사용하지 않고 100% CG만으로 처리하게 된 최초의 스타 트렉 시리즈이다. 시리즈 초반에는 여전히 실물로 제작된 모델을 사용해 촬영했으나 시즌 3부터는 100% CG만으로 표현하게 된다.

44분 외계인의 공격에서 임시로 벗어난 제인웨이 선장의 최우선과제는 이퀴낙스호를 찾고, 랜섬을 저지하고, 세븐 오브 나인을 찾아내는 것이다.
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44분 우주 전초기지에서 문화 교류와 우호적 접촉을 간절히 바라는 제인웨이 선장은 선원들에게 상륙 허가를 내리고 방문자를 대환영한다.
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44분 이온 폭풍이 소형 함선을 덮치면서 부상을 입고 혼수상태에 빠진 벨라나는 클링온이 자신과 선원들을 살해하는 상황을 내다보게 된다.
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44분 외계 종족이 닥터의 사고에 다가가 프로그램을 위태롭게 만들면서 백일몽에 대한 닥터의 실험은 제어 불가 상태로 치닫는다.
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44분 선원들은 항로 주변에서 우주 시대 고물 집적소를 발견한다. 필사적으로 물자를 구하던 보이저호는 이후 열성적인 상인을 발견한다.
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44분 임무를 마치고 돌아온 상륙조는 델타 플라이어호에 탑승한다. 투박은 타 종족을 혐오하는 바네스라는 종족 출신인 망토 쓴 외계인에게 공격당한다.
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44분 부분 공간 통로로 끌려간 보이저호는 200광년을 이동한 끝에 미로의 소유권을 주장하는 투레이에게 밀려 나간다.
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44분 보이저호는 부분 공간에서 드물게 발생하는 위험한 현상인 중력자 타원을 접하게 된다.
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44분 세븐 오브 나인이 대량의 데이터를 동화시키기 위해 보그 알코브를 업그레이드하면서, 보이저호에서 음모가 진행되고 있다는 주장이 제기된다.
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44분 지구에 있는 바클리 대위는 홀로그램을 이용해 보이저호와 교신을 하려는 계획을 세운다.
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44분 보이저호의 선원들은 패리스와 함께 홀로그램 덱을 타고 아일랜드의 그림 같은 해변 마을로 휴가를 떠난다. 이곳에서 제인웨이 선장은 동네 술집 주인과 가까워진다.
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44분 보이저호는 주변 은하계보다 시간이 1,000배 빨리 흐르는 이상한 행성 위의 궤도에 갇히게 된다.
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44분 한 외계 종족이 닥터의 노래 실력을 너무나 높이 평가하자, 닥터는 장교직을 버리고 수백만 명의 열성팬 곁에 남는 방안을 고려해 본다.
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44분 상륙조 구성원들은 지금까지 만나본 적 없는 외계 종족에 대한 꿈을 꾸기 시작한다. 꿈에서 이 종족은 미지의 행성에서 섬뜩한 전투를 벌인다.
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44분 세븐 오브 나인과 투박은 상륙조 활동 중 납치된다. 이후 세븐은 검투 대회에서 목숨을 잃을 때까지 싸워야 하는 상황에 놓인다.
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44분 몇 명의 보그 아이들이 차코테, 김, 닐릭스, 패리스를 납치한다.
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44분 패리스와 김은 홀로그램 마을인 페어 헤이븐을 다시 찾지만, 보이저호 선원들이 프로그램 요소를 변경하고 있음을 캐릭터들이 알게 되면서 위험에 처한다.
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44분 3년 전 상륙조 활동 중 사망하여 우주에서 전통 장례를 치렀던 선원 린지 발라드가 다시 나타난다.
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44분 이체브의 부모가 어디에 있는지 확인되면서 세븐 오브 나인은 기뻐해야 할 상황이지만, 이체브가 동화된 정황을 듣게 된 그녀는 수상쩍어한다.
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44분 우주선 전체의 효율성을 평가한 세븐은 제대로 된 성과를 내고 있지 않은 “말썽꾼” 선원 3명에 대해 선장의 주의를 환기한다.
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44분 제인웨이, 차코테, 투박을 사칭하는 영리한 신원 도둑 3명이 분면 전역에서 거래를 하며 보이저호에 오명을 씌운다.
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44분 델타 플라이어호를 타고 딜리슘을 찾으러 간 김과 벨라나는 워프 기술이 없는 행성에 불시착한다. 이곳에서 벨라나는 현지 시인에게 발견된다.
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44분 케스가 보이저호에 돌아온다. 나이가 들고 성이 났으며 그 어느 때보다 강해진 케스는 보이저호를 뚫고 들어왔다가 자신의 과거를 바꾸고자 시간여행을 떠난다.
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44분 패스파인더 프로젝트는 펄서와 마이더스 통신 시스템을 이용해 보이저호가 32일마다 데이터 스트림을 전송받고 응답할 수 있도록 한다.
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44분 보이저호가 어떤 특이한 성운에 진입하기 전에 운전을 완전히 멈추기 시작하자 닐릭스는 극도로 불안해진다.
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44분 짧은 시간 동안 드론이 개성을 가지는 가상 세계에 세븐 오브 나인이 방문하면서, 제인웨이 선장은 보그를 교란시킬 기회를 포착한다.
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